Die Zollanmeldung erfolgt elektronisch über das "Rwanda electronic Single Window (ReSW)". Für Sendungen ab einem Wert von 500.000 Ruanda-Franc ist die Einschaltung eines lizenzierten Zollagenten verpflichtend. Die Zollanmeldung muss der Zollstelle spätestens 21 Tage nach Ankunft der Ware in Ruanda vorliegen.

Die EAC-Staaten Burundi, Kenia, Ruanda, Tansania und Uganda setzen das System des einheitlichen Zollgebiets (Single Customs Territory - SCT) um, das zum Ziel hat, die Zollabfertigung und den Transit von Gütern zu vereinfachen. Die Abfertigung von Waren aus Drittländern findet in der Regel dort statt, wo diese zuerst ankommen. Anschließend werden sie unter zollamtlicher Überwachung in das Bestimmungsland transportiert.

Unternehmen können den Status des zugelassenen Wirtschaftsbeteiligten (AEO) in Ruanda beantragen, der Vereinfachungen bei der Zollabfertigung gewährt. Im Rahmen der ostafrikanischen Zollunion EAC kann auch der Status eines regionalen AEO bewilligt werden. Zusätzlich gibt es ein nationales Gold-Card Scheme der ruandischen Steuerbehörde RRA, das vertrauenswürdigen und zuverlässigen Wirtschaftsbeteiligten beschleunigte Abfertigungsverfahren ermöglicht.