Die Zollanmeldung erfolgt elektronisch über ASYCUDA World. Dort wurde ein "Uganda Electronic Single Window" als Schnittstelle für den Kontakt mit verschiedenen Behörden eingerichtet. Die Einschaltung eines lizenzierten Zollagenten ist verpflichtend.

Die Zollanmeldung muss der Zollstelle spätestens 21 Tage nach Eintreffen der Ware in Uganda vorliegen.

Die EAC-Staaten Burundi, Kenia, Ruanda, Tansania und Uganda setzen das System des einheitlichen Zollgebiets (Single Customs Territory - SCT) um, das die Zollabfertigung und den Transit von Gütern vereinfacht. Die Verzollung von Waren aus Drittländern erfolgt in der Regel an der Eingangszollstelle der EAC. Danach werden sie unter zollamtlicher Überwachung an den Bestimmungsort transportiert.

Zuverlässige Unternehmen können den Status eines zugelassenen Wirtschaftsbeteiligten (AEO) in Uganda beantragen, der Vereinfachungen bei der Zollabfertigung gewährt. Im Rahmen der ostafrikanischen Zollunion EAC kann auch der Status eines regionalen AEO bewilligt werden.

Exportorientierten Unternehmen in Freizonen oder Industrieparks werden Zoll- und Steuervergünstigungen gewährt.