Ruanda ist Mitglied der Ostafrikanischen Gemeinschaft EAC, die eine Zollunion mit gemeinsamem Außenzolltarif bildet. Die Zollsätze für Wareneinfuhren aus Drittstaaten betragen 25 Prozent für Fertigwaren und 10 Prozent für Zwischenprodukte. Auf Rohstoffe und Investitionsgüter fallen keine Zölle an. Einige sensible Güter, wie Milchprodukte und Textilien, unterliegen höheren Zöllen von 35 bis 100 Prozent. Daneben gelten, je nach Bedarf, befristete Zollsenkungen für Vormaterialien, die in der Inlandsproduktion benötigt werden.

Die bei der Einfuhr erhobene Mehrwertsteuer beträgt 18 Prozent. Verbrauchsteuern fallen für Getränke, Zigaretten, Schmiermittel und Kraftfahrzeuge an. Die Infrastrukturabgabe beträgt 1,5 Prozent, eine Abgabe für die Afrikanische Union 0,2 Prozent. Hinzu kommen Gebühren für die Zollabfertigung und Qualitätsprüfung von Waren.

Unternehmen, die in Exportproduktionszonen (EPZ) oder Sonderwirtschaftszonen (SEZ) tätig sind, können von Zoll- und Steuererleichterungen profitieren.

Ein zwischen der EU und der Ostafrikanischen Gemeinschaft 2014 geschlossenes Wirtschaftspartnerschaftsabkommen ist noch nicht in Kraft getreten.