Der Zolltarif basiert auf dem Harmonisierten System (HS) von 2012 und sieht drei Wertzollsätze vor, zum Beispiel 5 Prozent auf grundlegende Produkte, 10 Prozent auf Rohstoffe und 20 Prozent auf Kosmetik oder alkoholische Produkte. Milch und Weizenmehl können zollfrei eingeführt werden. Bemessungsgrundlage ist der CIF-Wert der Ware (Cost, Insurance, Freight). Auf Alkohol und alkoholische Getränke, Tabakwaren, Kraftstoffe und gebrauchte Personenkraftwagen fallen Zusatzsteuern an. Zusätzlich können Hafen-, Service- und Stempelgebühren entstehen.
Als Least Developed Country kann das Land im Rahmen der „Everything but Arms”-Initiative bei der Einfuhr in die EU von Zoll- und Quotenfreiheit für Ursprungswaren profitieren.
Aktuelle Meldungen zu geänderten Zoll- und Einfuhrregelungen in São Tomé und Principe.