Uganda ist Mitglied der Ostafrikanischen Gemeinschaft EAC, einer Zollunion mit gemeinsamem Außenzolltarif.

Die Zollsätze für Wareneinfuhren aus Drittstaaten belaufen sich auf 25 Prozent für Fertigwaren und 10 Prozent für Zwischenprodukte. Für Rohstoffe und Investitionsgüter fallen in der Regel keine Zölle an. Einige sensible Güter wie Agrarprodukte und Textilien unterliegen höheren Zöllen von 35 bis 100 Prozent. Daneben können befristete Zollsenkungen für Vormaterialien, die in der Inlandsproduktion benötigt werden, gelten.

Die Einfuhrumsatzsteuer beträgt 18 Prozent. Uganda erhebt Verbrauchsteuern auf Speiseöle, Getränke, Zucker, Tabakwaren, Mineralölerzeugnisse, Zement, Kunststoffe, Kosmetik und Möbel. Bei der Einfuhr von gebrauchten Haushaltsgeräten, Kfz ab einem Alter von fünf Jahren sowie Altkleidung fällt eine Umweltabgabe an. Hinzu kommt für alle Waren eine Infrastrukturabgabe von 1,5 Prozent und eine Quellensteuer in Höhe von 6 Prozent.

Exportorientierten Unternehmen in Freizonen oder Industrieparks werden Zoll- und Steuervergünstigungen gewährt.