Zum Schutz von Mensch, Tier und Umwelt können eine Reihe von Waren (z.B. Lebensmittel, landwirtschaftliche Erzeugnisse, Kosmetik, Medikamente) nur mit entsprechenden Zertifikaten, Genehmigungen und/oder Lizenzen eingeführt werden. So ist eine Genehmigung zur Einfuhr von Tieren und tierischen Produkten vor der Einfuhr vom Ministry of Agricultural Development and Food Security einzuholen. Pharmazeutische Substanzen und Arzneimittel sind zusätzlich bei der botsuanischen Arzneimittel-Regulierungsbehörde zu registrieren.

Für bestimmte Waren, beispielsweise  Zucker, ist die Einfuhr mengenmäßig beschränkt.