Besondere Einfuhrformalitäten gelten beispielsweise für lebende Tiere, Fleischwaren, Chemikalien, Gebrauchtwagen und Waffen. Diese Waren dürfen nur mit einer Genehmigung und/oder Lizenz eingeführt werden, die von der entsprechenden Behörde ausgestellt wird. Beispielsweise ist bei der Einfuhr von Rindfleisch neben dem Ursprungs- und Gesundheitszeugnis auch ein Halal-Zertifikat vorzulegen. Für lebende Pflanzen oder Pflanzenteile ist dagegen ein Pflanzengesundheitszeugnis vom Ministère de l'Agriculture, de l'Elevage et de la Pêche de Madagascar vorzulegen. Pharmazeutische Produkte müssen vor der Einfuhr in Madagaskar bei der Agence du Médicament registriert werden.
Einfuhrverbote bestehen unter anderem für gefälschte Produkte, Produkte, die der Moral schaden, sowie für Abfall und Schrott (vor allem Aluminium und Kupfer). Zum Schutz der Fauna und Flora des Landes hat sich Madagaskar darüber hinaus zur Einhaltung der Vereinbarungen von CITES (Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora) verpflichtet.
Aktuelle Meldungen zu geänderten Zoll- und Einfuhrregelungen in Madagaskar.