Nur „afrikanische Produkte“, also Ursprungswaren aus den Vertragsstaaten des afrikanischen Freihandelsabkommens, können Zollvorteile erhalten. Andernfalls könnten Einfuhren aus Drittländern wie Deutschland von den vereinbarten Zollpräferenzen profitieren. Als Ursprungswaren gelten Erzeugnisse, die entweder in einem der afrikanischen Länder vollständig gewonnen oder hergestellt oder dort ausreichend be- oder verarbeitet wurden. Vormaterialien aus anderen afrikanischen Vertragsstaaten gelten ebenfalls als Ursprungswaren und fließen in die Berechnung des Ursprungs mit ein. Die präferenziellen Ursprungsregeln stehen für rund 90 Prozent der Tariflinien fest. Weiterhin verhandelt werden die Bereiche Automobil- und Textilindustrie.
Die Afrikanische Union hat auf ihrer Webseite ein Handbuch der AfCFTA-Ursprungsregeln veröffentlicht. Dieses Handbuch soll allen Zollbeteiligten eine einheitliche Auslegung und Anwendung der Ursprungsregeln in den Vertragsstaaten ermöglichen.
Update: Die afrikanische kontinentale Freihandelszone AfCFTA