Kenia ist Mitglied der Ostafrikanischen Gemeinschaft EAC, die eine Zollunion mit gemeinsamem Außenzolltarif bildet. Die Zollsätze für Wareneinfuhren aus Drittstaaten betragen 25 Prozent für Fertigwaren und 10 Prozent für Zwischenprodukte. Auf Rohstoffe und Investitionsgüter fallen keine Zölle an. Einige sensible Güter, wie Agrarerzeugnisse und Textilien, unterliegen höheren Zöllen von 35 bis 100 Prozent. Daneben gelten, je nach Bedarf, befristete Zollsenkungen für Vormaterialien, die in der Inlandsproduktion benötigt werden.

Der reguläre Mehrwertsteuersatz beträgt 16 Prozent. Für gesundheitsschädliche und als luxuriös eingestufte Waren fallen Verbrauchsteuern an. Die Zollabfertigungsgebühr beträgt 3,5 Prozent, hinzu kommen 2 Prozent Infrastrukturabgabe.

Unternehmen, die in Exportproduktionszonen (EPZ) und Sonderwirtschaftszonen (SEZ) tätig sind, erhalten umfangreiche Zoll- und Steuererleichterungen.

Die EU und Kenia vereinbarten im Juni 2021 Gespräche über die Umsetzung eines Wirtschaftspartnerschaftsabkommens auf bilateraler Ebene.